Главной задачей Академии профилактической медицины является изучение социально-экономических детерминант здоровья и построение мощной организационной структуры для продвижения мер по укреплению здоровья, профилактике заболеваний, ухода за больными, реабилитации для инвалидов, улучшению качества личного и общественного здоровья народа Казахстана путем внедрения лучшего международного и местного опыта в сфере здравоохранения. Академия представляет правительственным, профессиональным и другим органам консенсус мнений работников общественного здравоохранения по политическим вопросам, касающимся здоровья, по профессиональным позициям и интересам.